Le séquençage du fusil de chasse du génome entier est une approche pour décoder le génome entier d’un organisme, ou la somme de ses informations héréditaires. Le traiter comme une seule unité de données est fonctionnellement impossible, il est donc plutôt découpé en petits éléments d’information qui peuvent être séquencés et réassemblés. Cette méthode peut générer des erreurs, mais peut aussi être extrêmement rapide, ce qui peut contrebalancer le risque d’erreurs, selon l’organisme étudié. Les organisations de génétique collectent des génomes séquencés d’organismes spécifiques et les mettent à disposition pour la recherche et la comparaison.
Ce processus commence par le découpage du matériel génétique en unités d’information pouvant être traitées. Une façon d’y parvenir consiste à utiliser des enzymes de restriction qui coupent les chaînes de données. Une autre option consiste à séparer mécaniquement les brins d’acide désoxyribonucléique (ADN) avec un équipement conçu pour le transformer en morceaux digestibles. Ceux-ci peuvent être insérés dans des vecteurs et répliqués dans des colonies de bactéries pour créer une bibliothèque d’ADN, avec de nombreuses copies des informations disponibles pour le séquençage.
L’étape suivante consiste à séquencer ces courtes longueurs de données. Ils peuvent être réassemblés en recherchant des chevauchements, où les données correspondent aux données d’autres volets. Dans le séquençage du fusil de chasse du génome entier, il peut y avoir une marge d’erreur, car des brins identiques peuvent être mélangés ou un chevauchement peut ne pas être facilement identifiable. La méthode du fusil de chasse du génome entier est cependant moins laborieuse que d’autres options, ce qui la rend plus pratique pour les situations où un séquençage rapide est souhaité pour des résultats immédiats.
Les chercheurs peuvent utiliser cette approche pour une variété d’activités. Ils peuvent être intéressés à générer des séquences de plusieurs génomes à des fins de comparaison ou à examiner l’ADN d’un organisme spécifique pour plus d’informations à son sujet. Le nom fait référence à l’effet quelque peu large et dispersé d’un fusil de chasse; le séquençage shotgun du génome entier offre une couverture rapide et large, même si elle peut être légèrement imprécise.
Des installations capables d’effectuer le séquençage du génome entier peuvent être trouvées dans une variété d’endroits à travers le monde. Certains se concentrent sur la prestation de services à leurs propres chercheurs et personnel. D’autres traitent l’ADN moyennant des frais et peuvent proposer un séquençage du génome entier. Les clients doivent leur fournir des échantillons viables qui répondent aux normes établies par le laboratoire, et les temps d’attente peuvent varier en fonction de la charge de travail et de la complexité. Les humains, par exemple, ont un génome extrêmement volumineux qui peut prendre plus de temps à traiter qu’un organisme avec beaucoup moins de paires de gènes.